Это может означать вообще любой вариант, всё, что угодно: 1) всё в порядке, ей действительно нужно побыть одной, после чего у вас могут начаться отношения; 2) ей хочется побыть одной, и вы НЕ ТОТ ЧЕЛОВЕК, на которого она хочет поменять своё одиночество; 3) ей на вас пофиг, она не хочет вас видеть, она надеется, что вы устанете её ждать и исчезнете, наконец...
Прочел у модного писателя Цыпкина: "Интересно, сколько раз сказанная фраза " Я хочу побыть один(одна)" НЕ означала" Я хочу побыть не с тобой "?