Под архитектурой сайта, да и любой системы, я понимаю крупноблочное описание её составных частей и их взаимодействие. Степень детализации может варьироваться от сложности проекта и зоны ответственности.
Для сайта, пусть это будет интернет магазин, может быть:
Описание его компонент: бекенд (бизнес логика приложения), фронтенд (визуальная часть сайта), СУБД (хранение данных), объектный сторадж (хранение изображений/видео)
Описание взаимодействий: процесс покупки товара, процесс доставки товара.
Более детальное описание компонент: схема СУБД, организация кода бекенда/фронтеда, API бекенда.
На продумывание архитектуры стоит потратить время в любом случае, даже если это pet-project с одни разработчиком. Не обязательно рисовать красивые диаграммы, можно порисовать ручкой в блокноте - это тоже будет проектирование) Диаграммы позволяют упростить жизнь, если в проект вовлечено большое кол-во участников.
И главное, не надо забывать, что архитектура должна помогать решать реальные проблемы, а не создавать новые - помогать бизнесу быстрее решать его задачи, подстраиваться под изменяющиеся условия.