По простому, это такой же субъект как область или край, или республика. Следующий уровень власти над ним - федеральный. В основном отличия будут заметны в налаговом поле. Т. к. все субъекты обязаны платить налог в федеральный бюджет, а остаток распределять между своими поселениями и городами, то в отличии от них города федерального значения, после уплаты налогов, заботятся только о себе.
В РФ три таких города: Москва, Санкт-Петербург и Севастополь.