Смотря с какими алгоритмами шифрования сравнивать.
Если сравнивать с MD5 и SHA алгоритмами, то основное отличие в том, что Base64 можно декодировать и получить исходные данные, а в случае с MD5 и SHA закодированные данные это всего лишь "отпечаток" исходных и раскодировать их обратно не получится.
Кроме того, в случае с MD5 и SHA, закодированные данные имеют свою фиксированную длину, а Base64 может быть любой длины.
Вообще-то можно декодировать, но не всегда и это очень ресурсоёмкие операции.