Были ли случаи в эпоху раннего Возрождения, что художники испытывали гонения за то, что изображали христианские сюжеты не по канонам?

Возможно,но в большинстве случаев нет.Все изображали на свой манер разные религиозные темы и всех это вполне устраивало (и художников и Церковь) .

Когда что-то изображённое (например как это случилось в Сикстинской капелле) не устраивало Церковь (в данном случае чрезмерная нагота) они аккуратно добавляли "цветочки" т е разные листья которые мы видим сегодня и как вы можем заключить вышло довольно аккуратно.

Кстати ,во время смены власти был такой момент во время Средневековья что художником пришлось "закрасить" бывших правителей.Они неплохо справились (нарисовали что то наподобие штор вместо фигур) правда забыли убрать руку одного из правителей.Так эта рука и торчит....